馬橋駅は1面2線の橋上駅ですが、流山鉄道の改札はホーム上にあります。
自動改札がバーレスになり、自動改札真上の案内板が撤去されていました。 代わりにLED光源の案内サインが設置されています。あと改札内トイレのドアの位置が変化しています。西口には駅ビルを建設中。